Lietuvos Respublikos liberalų sąjūdžio Varėnos rajono skyrius įsteigtas 2006 m. balandžio 2 d. Steigiamajame susirinkime dalyvavo ir už skyriaus įsteigimą balsavo 30 iniciatyvinės grupės narių. Susirinkime buvo priimti skyriaus nuostatai, išrinkta 11 narių taryba, skyriaus pirmininkas, jo pavaduotojas, skyriaus sekretorė, iždininkė ir kontrolės komisija. Skyriaus pirmininku buvo išrinktas gydytojas kardiologas tuometis Varėnos rajono tarybos narys Valdas Kukulskis.
Pagrindiniai mūsų siekiai – pasirinkimo laisvė, neslegianti mokestinė našta, skaidrumas ir aiškumas, demokratiškas valdymas, morali politika.
2007 m. skyrius dalyvavo savivaldybių rinkimuose. Į Varėnos rajono savivaldybės tarybos rinkimus iškėlėme 20 kandidatų, kurių tarpe buvo ir 4 nepartiniai, LRLS programai pritariantys varėniškiai. Du liberalų sąjūdžio sąrašo kandidatai pateko į rajono savivaldybės tarybą. Tai jau penktą kadenciją renkamas nepartinis Vytautas Kuklys ir skyriaus pirmininko pavaduotojas Kęstutis Budėnas.
Nuo 2007 lapkričio skyriui vadovauja Seimo narys Algis Kašėta.
2008 m. spalio 12 d. Seimo rinkimuose ketvirtai kadencijai vienmandatėje Varėnos-Eišiškių rinkiminėje apygardoje, santykiu 8700:5904, išrinktas liberalas Algis Kšėta, o daugiamandatėje apygardoje liberalai gavo 14,78 %. Tuo tarpu visoje Lietuvoje – 5,78%
2009 metų lapkritį, po V-ajame partijos suvažiavime patvirtintos naujos įstatų redakcijos, Varėnos liberalai pasitvirtino naują skyriaus nuostatų redakciją.
2011 m. savivaldybių tarybų rinkimuose subūrėme 33 kandidatų komandą. Rinkėjai suteikė net keturiems sąrašo kandidatams pasitikėjimo mandatus – Vytautui Kukliui, Valdui Kukulskiui, Juozui Baubliui bei Kęstučiui Budėnui. Savivaldybės administracijos direktoriumi tapo Stasys Alekna.
Šešių partijų koalicija gyvavo nuo 2011-04-06 iki 2011-09-16, kai socialdemokratų gretas atskiedė buvę centristai. Per šiuos penkis mėnesius varėniškiai bei savivaldybės tarnautojai pajuto skirtumą santykiuose su rajono vadovais.
2011 m. spalio 14 d. VI-ajame partijos suvažiavime panaikinus atstovavimą su įgaliojimais, Varėnos liberalai 2012-01-07 patvirtino naująją skyriaus “Nuostatų” bei skyriaus “Nario mokesčio tvarkos” redakciją. Skyriaus tarybą sudaro 13 narių.
2012 m. gegužės 01 d. dėl šeimyninių aplinkybių Vytautas Kuklys atsisakė Varėnos rajono tarybos nario mandato. Jo vietą užėmė skyriaus narys Michailas Golubevas.
2012 metų Seimo rinkimuose Varėnos-Eišiškių vienmandatėje apygardoje kandidatavo skyriaus pirmininkas Algis Kašėta. Iš 15-os kandidatų, antrame rinkimų ture santykiu 7161:4844 penktai kadencijas išrinktas liberalas Algis Kašėta. Daugiamandatėje apygardoje taip pat dalyvavo varėniškis liberalas Dainius Žilius, kuris iš 86 pozicijos pakilo į 48 vietą. Liberalai mūsų apygardoje gavo 10,03 % rinkėjų balsų.
2013 m. spalio 5 d. Klaipėdoje vykusiame partijos suvažiavime Algis Kašėta dar kartą išrinktas į partijos valdybą ir yra partijos pirmininko pavaduotoju.
2014 m. vasario 9 d. vykusiame visuotiniame narių susirinkime skyriaus pirmininku iš keturių kandidatų perrinktas Algis Kašėta, pirmininko pavaduotojais tapo Michailas Golubevas, Paulius Prakopimas bei Dainius Žilius, atsinaujino skyriaus taryba. Taip pat priimti naujos redakcijos skyriaus nuostatai.
2015 m. Savivaldybių tarybų rinkimuose subūrėme 48 kandidatų sąrašą, o tiesioginiuose mero rinkimuose iškėlėme skyriaus pirmininką Algį Kašėtą. Tai leido sulaukti didelio rajono gyventojų pasitikėjimo, kuris lėmė 9 mandatus rajono taryboje (Rimantas Miliūnas, Juozas Baublys, Valdas Kukulskis, Kęstutis Budėnas, Michailas Golubevas, Marijonas Čapkovskis, Laima Denutienė, Dainius Žilius, Gintautas Kanauka) bei mero poziciją – Algis Kašėta.
Šiuo metu skyrius vienija 54 narius.